Shin Godzilla (2016) เป็นเรื่องราว เริ่มต้นขึ้นจากการตรวจพบความผิดปกติบริเวณอ่าวโตเกียวของเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยชายฝั่ง อันเกิดจากการโจมตีของสิ่งมีชีวิตบางอย่าง จนส่งผลให้เกิดเหตุการณ์น้ำท่วมในระบบ โตเกียวเบย์ อควาไลน์ ในเวลาต่อมา แต่เรื่องกลับถูกปกปิด จนกระทั่งหายนะครั้งใหญ่ได้ปะทุรุนแรงขึ้น